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国家海洋水产种质资源库完成国际首个蚶科基因组参考图谱

日前,黄海水产研究所团队与德国阿尔弗雷德·韦格纳研究所赫尔姆霍兹极地和海洋研究中心Umberto Rosani博士等合作,成功破译魁蚶基因组。该研究利用第二、三代测序和Hi-C染色体构象捕获技术,构建了国际上首个染色体水平的蚶科动物基因组参考图谱。研究揭示魁蚶基因组大小为885 Mb,Scaffold N50达到45 Mb,利用Hi-C技术成功将99.35%的组装序列挂载到染色体上,经进一步分析发现魁蚶基因组中重复序列高达408 Mb,占基因组总长的46%。

魁蚶俗称赤贝、血贝、大毛蛤,是一种大型海洋底栖经济贝类,广泛分布于太平洋西北部的日本海、黄海、渤海及东海沿岸,成贝个大体肥,肉质鲜美,经济价值较高。近年来,我国魁蚶苗种生产和增养殖规模不断扩大,经济和社会效益显著,然而其种质质量下降、病害高发等问题日趋严重。魁蚶及蚶科贝类基因组信息的匮乏成为我们理解其抗病、抗逆机制的障碍,破译魁蚶基因组信息、开展重要性状遗传改良成为当下的重要课题。该项研究成果为蚶科贝类抗病抗逆、生长发育等重要性状的遗传解析以及种质改良等相关研究提供了重要理论支撑。

全文链接:Chromosomal-level assembly of the blood clam,Scapharca(Anadara)broughtonii, using long sequence reads and Hi-C https://academic.oup.com/gigascience/article/8/7/giz067/5530322